Ваши рассуждения навели меня на мысль что лодка могла быть не в подводном,а в позиционном положении.Малая заметность торчит одна рубка,поэтому когда они наскочили на риф то естественно попробовали полностью всплыть,чтоб слезть с мели.Поэтому в переводе и есть выражение всплыла.