Флот не воспринял новую систему названий - просто оттого что во флоте новых ЖБ сооружений по новым типовым проектам не было ни одной штуки. Т.е. флотские ДОТы это вообще отдельная песня, до них большой ахтунг с "сооружениями второго периода строительства" просто не докатился. Там совершенно иные преобладающие типы (смотрим хотя бы на сооружения 1940г на ТОФ), по типу огня и соответственно по планировке боевых казематов они так и остались в традициях начала 30-х.
Опять же вооружение - ПС-31, гитара, что характеризует приоритеты в строительстве по сравнению с сухопутными УРами. Я не припоминаю ни одного довоенного берегового ДОТа с установкой НПС-3, ДОТ-4, Л-17, ПК-4б. (Только послевоенная модернизация под И-8.)
В конечном счете все упирается в финансы - строить на берегах огромной протяженности то, что построили в приграничных УРах, не было ну никакой возможности. Флоту в части противодесантной обороны упали крохи от того финансирования, что вывалили на сухопутные УРы. Что в значительной мере, правда, компенсировано большим количеством морской артиллерии.