Здесь и моего мнения вполне достаточно (альтернативные мнения, увы, неправильны), поскольку я счастливый обладатель Атласа Ковенской крепости (на английском языке) в редактировании которого принимал участие. И вполне представляю о чем речь.
Форт уникальный, именно как форт - один из весьма немногих примеров форта Величко 1897 года (с некоторыми отличиями от типового проекта), в Ковенской крепости - он вообще такой единственный.
Более того, даже в Польше таких русских фортов нет, за исключением форта Дембе (который отличается по планировке), если не ошибаюсь. А остальные форты были построены по каким-то иным проектам (в Ломже, Рожанах, Порт-Артуре и Владивостоке)
Просто так получилось, что большинство фортов русских крепостей было построено до 1897 года и затем их модернизировали. А вторая крупная "порция" фортов строилась уже где-то после 1910 года, когда были приняты другие типовые решения.
В общем, форт уникален именно, как форт, а мест массового уничтожения было, увы, много.
Поэтому расчистка комплекса казармы и промежуточного капонира от более поздних наслоений вполне оправдана, а для сохранения исторической памяти помещений в казарме более, чем достаточно.
Насколько я понимаю, из наслоений сносят только кухню, которая местом казней вроде как не была, и переборки внутри боевых казематов полукапонира.
Думаю, что реставраторы пошли по правильному пути, тщательно взвесив все за и против.
Кстати, если бы не эта тюрьма и музей - не удалось бы сохранить форт в таком вот совершенном виде, такова ирония истории.