Вообще-то так когда-то береговые КП называли, где находилось высшее командование флота. Флагман - вообще-то, это синоним адмирала, раньше даже персональные звания были в ВМФ СССР с 1935 по 1940 гг. - флагман 2-го ранга, флагман 1-го ранга и флагман флота. Вроде так.
Флагманский корабль - это там, где командующий соединением находится, флагманский штурман - это главный штурман соединения, флагманский артиллерист - то же самое.