Да, зенитные дивизионы входили в состав ПВО, а не береговой артиллерии. Кильдин - это часть Береговой обороны Главной базы Северного Флота (реорганизованный флотский Мурманский укрепленный район), так что все зенитные батареи, вне зависимости от того какой именно они там объект защищали входили, в состав ПВО Главной базы. Само собой разумеется, что главный объект защиты на Кильдине - это башенная батарея.
Взводы сорокапяток при батареях (и, скорее всего, безномерные батареи сорокапяток) входили в состав соответствующих береговых батарей и подчинялись во всех отношениях их командирам. А вот зенитные батареи зендивов подчинялись командованию ПВО, будучи лишь приданы или оперативно подчинены командирам береговых батарей.
Посмотрите наше предисловие к книге Поночевного и саму кнгиу - там как раз сложные отношения между ПВОшными зенитчиками и командиром батареи описаны очень хорошо. Тот же эпизод описан и во второй части мемуаров Кабанова. Это когда командир батареи пытался "уговорить" зенитчиков отогнать корректировщика и пока решал этот вопрос через командира своего дивизиона, а тот через генерала Кабанова, корректировщик успел натворить много бед. А преодолевалась такая "ведомственная" разобщенность путем доверительных товарищеских отношений, каковые соответствующим командирам было велено установить приказанием самого высокого начальства.